Liqeni i Ohrit është trashëgimi e UNESCO-s. Që nga 5 korriku i vitit 2019, ky liqen, i ndarë mes Shqipërisë e Maqedonisë së Veriut, është përfshirë në listën e UNESCO-s si pasuri e kombinuar e trashëgimisë, natyrore dhe kulturore.
Ky liqen ofron një strehë unike për lloje të shumta endemike dhe relikte të florës dhe faunës së ujërave të ëmbla. Ujërat e tij oligotrofik përmbajnë mbi 200 lloje endemike me nivele të larta endemizmi për speciet bentike në veçanti, duke përfshirë: algat, diatomet, krimbat e sheshtë turbelar, kërmijtë, krustacet dhe 17 lloje endemike peshqish.
Një pjesë e Liqenit të Ohrit që ndodhet në Maqedoninë e Veriut dhe në brendësi të saj, duke përfshirë qytetin e Ohrit, ishte i regjistruar në Listën e Trashëgimisë Botërore që prej vitit 1979. Zona tani përfshin pjesën shqiptare në veriperëndim të liqenit të Ohrit, gadishullin e vogël të Linit dhe brezin e tokës përgjatë vijës bregdetare që lidh gadishullin me kufirin maqedonas.
Në ujërat e cekëta pranë bregut të liqenit, disa site dëshmojnë për praninë e banesave parahistorike mijëravjeçare palafite.
